Het verhaal gaat over de 9 jarige Bruno die met zijn familie in Berlijn woont. Het speelt zich af in 1943. Het verhaal begint als Bruno Maria ziet inpakken voor de verhuis. Zijn vader heeft werk aangeboden gekregen daarvoor moeten Bruno en zijn familie verhuizen naar het dorpje Oudwis in Polen. Waar Bruno en Gretel zich niet thuis gaan voelen. Als Bruno op een dag door het raam kijkt ziet hij naast zijn nieuwe huis een hek staan. Een hek waar allemaal mensen met een gestreepte pyjama's rondlopen (joden). Bruno wil al sinds dat hij klein is ontdekkingsreiziger worden, daarom besluit hij een kijkje te nemen bij het hek naast zijn huis. Daar ontmoet Shmuel. Hij ziet dat Shmuel heel anders leeft dan hij. Toch sluiten de jongens een vriendschap.  Maar deze vriendschap is niet zonder gevolgen.